> ядро:

в арче ванильное ядро, распоследней версии
в рхел люто патченное, консервативное, селинукс
в дебиане что-то среднее, аппармор

Оно от этого перестаёт быть ядром линукса и становится бсдшным, гаечным, полуосным или каким-то ещё? Если нет, то без разницы. Про дебиановские эксперименты на эту тему я в курсе, hurd они вроде в прошлом году закопали.

> разница в юзабилити dnf/apt/pacman колоссальная, в наборе пакетов разница колоссальная

Ты серьёзно? А если не про пакеты говорить, а про софт? Потому что без разницы - сунуть какой-нибудь gimp или geany в один пакет по редхатовски или в 100500 по дебиановски, это так и будет gimp а не фотошоп и geany, а не eclipse, например.

> даже сборки systemd разные, где-то больше, где-то меньше компонентов впендюрено.

И это всё равно будет тот же самый линуксовый systemd, а не система инициализации от osx, aix или solaris