Скорее всего наоборот. В крупной компании могут сказать что их не интересует эта доработка, лучше они будут кнопки перекрашивать, а проблемы одного клиента могут и подождать. В крупных компаниях поддержка стоит обычно дороже. В проприетарном софте чаще всего есть шпионские модули и удалённые лазейки якобы для обновлений, что не добавляет безопасности. Если вдруг они выпилят фичу, которая вам нужна, то скорее всего вы не сможете откатиться назад, потому что есть автоматическое принудительное обновление.
Привязка к одному поставщику. Если вам откажет компания в доработке, то вы ничего сделать не можете. Если у вас есть несовместимость, то они вообще не обязаны будут её исправлять. В СПО вы можете или сделать доработку собственными специалистами, покопавшись в коде и чаще поможет объяснить моменты или нанять любую компанию. Это преимущество открытого кода. Если фирме позарез нужна будет фича, то просто так соскочить с иглы проприетарного софта не получится, ведь все форматы и протоколы закрыты.