Суда по коду, mplayer не поддерживает более одного звукового потока.
Поэтому пришлось соединять самому и создавать новый AVI-шник.
Кратко расскажу как это было, может быть кому пригодиться.
1. Вытаскиваем первый поток
mplayer -aid 1 -dumpaudio -dumpfile stream1.mp3 file.avi
2. Вытаскиваем второй поток
mplayer -aid 2 -dumpaudio -dumpfile stream2.mp3 file.avi
3. Переводим MP3 в WAV
lame --decode stream1.mp3 stream1.wav
lame --decode stream2.mp3 stream2.wav
4. У меня второй поток был mono, поэтому переведем его в stereo
sox stream2.wav -c 2 temp.wav
mv temp.wav stream2.wav
5. Сольем два потока в один
soxmix stream1.wav stream2.wav audio.wav
6. Переводим WAV в MP3
lame audio.wav audio.mp3
7. Сделаем новый AVI
mencoder -ovc copy -oac mp3lame -audiofile audio.mp3 -o newfile.avi file.avi
В итоге новый файл получился меньше примерно на 50 Mb ;)
PS: думаю, что пункт 6 можно пропустить Ж))