Когда сообщение помещается в очередь qmail-а, файлы c одним и тем-же именем
создаются в 3 местах:
qmail/queue/mess/[0-9]+
qmail/queue/info/[0-9]+
и qmail/queue/local/[0-9]+ или qmail/queue/remote/[0-9]+
Например:
qmail/queue/mess/0/230299
qmail/queue/info/0/230299
qmail/queue/local/0/230299
причём 230299 - это номер inode файла qmail/queue/mess/0/230299
Т.е. тебе нужно сначала "выключить" qmail, чтобы не вносилось изменений в очередь, а потом убить все файлы в подкаталогах qmail/queue/info/[0-9]+, qmail/queue/local/[0-9]+, qmail/queue/remote/[0-9]+ для которых нет соответствующих файлов в qmail/queue/mess/[0-9]+