При включении debug вижу строку
Feb 11 12:34:12 www spamd[80276]: debug: read_scoreonly_config: cannot open "/root/.spamassassin/user_prefs": Permission denied

Почему лезет туда???
По умолчанию
allow_user_rules { 0 | 1 } (default: 0)

Да и к томуже spamd запущен от -u nobody