>Вот лог сообщения
>checking for db.h... yes
Как ты думаешь, где он находит db.h? Ты же ему указал только путь до либов, но не хидеров. А мне сдается, что в /usr/include. Естественно, этот файл заголовков не соответствует версии, что ты пытаешься ему скормить:
>configure: error: BDB: BerkeleyDB version incompatible
Посмотри в системе установленные db*-devel rpm'ы и удали все (если нужны будут, потом опять поставишь). После этого configure должен перестать находить db.h. Лечится в твоем случае так
CFLAGS="-I/usr/local/berkeleyDB.4.1/include" ./configure и далее
А еще, чтобы совсем путаницы не возникало, удали /usr/local/berkeleyDB.4.1/lib/libdb.so - это симлинк. Оставь только libdb-4.1.so. Если все сделано правильно, должна появиться запись в логах
checking for Berkeley DB link (-ldb-4.1)... yes (а не "no", как у тебя сейчас)
Еще, проверь в /etc/ld.so.conf наличие строчки /usr/local/berkeleyDB.4.1/lib а после всего этого сделай ldconfig
Должно помочь.