>а)Нужно чтобы скрипты(php-как модуль к апачу,
Если хочешь php с UID пользователя, то либо довольствуйся safemode и uid apache, либо пускай php как CGI, либо пускай свой apache под каждого юзера с его uid.
> tcl,python,perl - через CGI)
suexec
>б)Ограничить использование процессорного времени для каждого пользователя от имени которого запускается скрипт.
Под xBSD и Linux можно только ограничить общее время использования CPU в секундах. Ограничить процент загрузки стандартными средствами нельзя (видел коммерческие решения для Linux, но они начинаются с нескольких тыс. $).
>в)Чтобы скрипты работали внутри заданной директории(предполагаю, что нужно использовать chroot, только как).
Можно запатчить suexec, чтобы он делал chroot в директорию скрипта, только не забудь в эту директорию положить/примонтировать все необходимое для выполнения этого скрипта хозяйство (perl, glibc и т.д.).