Кажется разобрался, жаловался на путь, оказывается надо было запускать из папки на уровень выше.
И запускал я так
./ppp-2.4.2-radius-chap.patch
Правда в конце вылетели ошибки
./ppp-2.4.2-radius-chap.patch: line 2: ---: command not found
./ppp-2.4.2-radius-chap.patch: line 3: +++: command not found
./ppp-2.4.2-radius-chap.patch: line 4: @@: command not found
./ppp-2.4.2-radius-chap.patch: line 5: struct: command not found
./ppp-2.4.2-radius-chap.patch: line 6: unsigned: command not found
./ppp-2.4.2-radius-chap.patch: line 7: unsigned: command not found
./ppp-2.4.2-radius-chap.patch: line 8: ---: syntax error near unexpected token `('
./ppp-2.4.2-radius-chap.patch: line 8: `- unsigned char *message, int message_space);'
Это нормально?