Попробуй Parted (http://www.gnu.org/software/parted/). Скачиваешь образ дискетки, пишешь его через rawrite.exe - и делаешь с разделами что хочешь. Единственный недостаток - все делается через командную строку.
Единственное, на что стоит обратить внимание - на соответствие геометрии диска под Win98 (можно посмотреть в PartitionInfo) и Linux (пишет при загрузке CHS=####/##/##). Пришлось мне маяться с одной глючной машиной - то ли винт на другой машине разбивали, то ли еще чего, но PartitionMagic (и 4, и 5) на этот диск только ошибки и выдавал (вообще запускаться отказывался). А через Parted все работало, только разделы на границу цилиндра не выравнивались; в принципе для Linux это по барабану, да и Вынь грузилась. Правда, на всякий случай я этот хард переразбил (еще BIOS особо умная попалась - прописываешь H=255, а она все равно выставляет 128; пока не прибил MBR через [kbd]dd if=/dev/zero of=/dev/hda bs=512 count=1[/kbd], так и ставила).