>Я работаю с сервисом, создающим таски из писем (Jira).Не дав его краткое описание вы уже значительно сократили количество желающих ответить на ваш вопрос.
>Можно ли подменять средствами Exim разделить адресов с ";" на "," ?
Да, но вы не уточнили на каком этапе и где(конверт или заголовки) именно.
>Или проще будет заменять поле получателя полностью уже при доставке письма моему локальному пользователю?
Зависит от задачи и условий, доставкой не всегда занимается MTA. С другой стороны если вас заинтересуют условия, то вам придется влезть в код приложения, а там заменить "," на диапазон символов не составит труда.