Такой вот нюанс... Биллинг автоматически генерирует конфиг шейпера и заливает его на сервер (Debian Linux). Имя файла конфига "shaperconfig". Выглядит он следующим образом:

--------------------------------------------------------------------------
iptables -t mangle -F
iptables -t mangle -X
iptables -t mangle -N SHAPER-OUT
iptables -t mangle -I POSTROUTING -o eth2 -j SHAPER-OUT
iptables -t mangle -I POSTROUTING -o eth3 -j SHAPER-OUT

tc qdisc del dev eth0 root
tc qdisc add dev eth0 root handle 1:0 htb default 10
tc class add dev eth0 parent 1:0 classid 1:1 htb rate 100Mbit burst 131072
tc class add dev eth0 parent 1:1 classid 1:10 htb rate 100Mbit burst 131072
tc qdisc add dev eth0 parent 1:10 sfq perturb 10

tc qdisc del dev eth2 root
tc qdisc add dev eth2 root handle 1:0 htb default 10
tc class add dev eth2 parent 1:0 classid 1:1 htb rate 100Mbit burst 131072
tc class add dev eth2 parent 1:1 classid 1:10 htb rate 100Mbit burst 131072
tc qdisc add dev eth2 parent 1:10 sfq perturb 10

tc qdisc del dev eth3 root
tc qdisc add dev eth3 root handle 1:0 htb default 10
tc class add dev eth3 parent 1:0 classid 1:1 htb rate 100Mbit burst 131072
tc class add dev eth3 parent 1:1 classid 1:10 htb rate 100Mbit burst 131072
tc qdisc add dev eth3 parent 1:10 sfq perturb 10

# Adm_Backup
iptables -t mangle -A SHAPER-OUT -s 10.13.0.5 -j MARK --set-mark 0x1001
tc class add dev eth0 parent 1:1 classid 1:1001 htb rate 2048Kbit burst 25600
tc class add dev eth2 parent 1:1 classid 1:1001 htb rate 2048Kbit burst 25600
tc class add dev eth3 parent 1:1 classid 1:1001 htb rate 2048Kbit burst 25600
tc filter add dev eth0 parent 1:0 protocol ip u32 match ip dst 10.13.0.5 classid 1:1001
tc filter add dev eth2 parent 1:0 protocol ip handle 0x1001 fw classid 1:1001
tc filter add dev eth3 parent 1:0 protocol ip handle 0x1001 fw classid 1:1001
----------------------------------------------------------------------------

На сервере по крону запускается скрипт, который смотрит не появился ли новый конфиг и если находит его то исполняет. Выглядит так:

----------------------------------------------------------------------------
#!/bin/sh

CFG=shaperconfig
CFGLAST=shaperconfig.last
LOG=shaperconfig.log
HOME=/home/script/shaper

cd $HOME

if [ -e $CFG ] ; then

        rm $CFGLAST
        mv $CFG $CFGLAST

        if [ -e $CFGLAST ] ; then
                rm $LOG
                ./$CFGLAST > $LOG
        fi
fi
----------------------------------------------------------------------------

Скрипт писал первый раз в жизни :)
Скрипт исполняется нормально, запускает скрипт с конфигом шейпера, но почему-то правила конфига не полностью применяются. Если у пользователя в новом конфиге изменилась максимальная скорость - она не применяется. Хотя если зайти через консоль и вручную запустить последний файл конфига всё применяется нормально.
Скрипт по крону запускается от рута.

Помогите пожалуйста разобраться.