Я пытался накопать что-нибудь на эту тему довольно давно, но только сейчас нашёл достаточно информации об этом.Согласно BIND Administrator Reference Manual, то есть, официальное решение:
Обычные зоны апдейтятся через изменение файла и последующее reload любым способом. Динамически обновляемые зоны нельзя обновлять таким образом именно по описанной мной причине, поэтому предлагается сделать rndc freeze myzone, что запретит обновлять эту зону, сбросит её содержание в файл зоны и удалит файл журнала - то есть, зона превратится в "обычную" и если кто-то попытается её обновить - например, зарегистрироваться в DHCP - то он получит ошибку. В это время можно поправить руками файл зоны, и возобновить обновление зоны с помощью rndc thaw myzone, что снова сделает зону динамической и автоматически перечитает файл зоны.
Однако, действительно, по приведённой ссылке я узнал что есть nsupdate, которая позволяет отдать команды, что именно следует сделать с файлом зоны - команды могут быть довольно навороченные, то есть, удобно. Спасибо! Я уже успел испугаться, что придётся останавливать обновление зон, что, в общем-то, не так уж страшно, но потенциально чревато неожиданностями - когда DHCP не сможет обновить "замороженную" зону, то я сомневаюсь что он передаст эту ошибку клиенту и тем более что он попробует снова... так что сообщение об ошибке просто утонет в логах и может вызвать недоразумение...