смотреть надо не messages а лог сквида cache.log
модуль ncsa_auth скомпилял/ если нет - компили
у тебя сквид видимо новой версии, а доки смотришь старые !
смотри конфиг сквида тэг
# TAG: auth_param
# This is used to pass parameters to the various authentication
# schemes.
# format: auth_param scheme parameter [setting]
ясно же тебе пишет line 1279 unrecognized: 'authenticate_program
уже стоит задуматься что синтаксис неверен !
читай тэг
# TAG: auth_param
там все расписано и даже пример есть :
#Recommended minimum configuration:
#auth_param basic program <uncomment and complete this line>
auth_param basic program /usr/local/squid/bin/ncsa_auth /usr/local/squid/etc/passwd
#auth_param basic children 5
#auth_param basic realm Squid proxy-caching web server
#auth_param basic credentialsttl 2 hours