Программы не знаю.
1)Используй винчестер с FAT32 для промежуточного хранения файлов.2)Если с винчестером туго а со свободным временем наоборот.
- Сдвигай раздел FAT32 с головы на величину свободного места + 1G
+--------+-----------------+
| ext3 | FAT32 |
+--------+-----------------+
+--------+---------+-------+
| ext3 | free | FAT32 |
+--------+---------+-------+
- Увеличивай размер раздела ext3 (НЕ СРЕДСТВАМИ PARTITION MAGIC!!! используй parted или пересоздай раздел )
- Переноси часть файлов c FAT32 на ext3 под линукс
+------------------+-------+
| ext3 | FAT32 |
+------------------+-------+
- Повторяй действия до осознания факта что свободный винчестер достать проще.