Вам примерно сюда: How to set up a fully encrypted disk with Ubuntu -
https://help.ubuntu.com/community/FullDiskEncryptionHowtohttp://askubuntu.com/questions/284525/how-to-encrypt-full-di...
https://help.ubuntu.com/community/EncryptedHome
Это сильно напоминает EFS, со стороны пользователя, насколько мне не изменяет склероз о полугоде использования почти 10 лет.
Эти конкретные тексты Ubuntu-специфичны, но теми же самыми скриптами можно создать на диске файл любого размера и монтировать этот файл как отдельный диск. Внутри файла всё будет защифрованным. Убунту попросту имеет удобно сделанную прослойку поверх этого, интегрированную с вводом пароля при входе в систему. Но по названиям выгугливаются статьи, где это реализовано независимо от варианта дистрибутива.
Можно искать на https://wiki.archlinux.org/ Там много толковых текстов, применимых в любом дистрибутиве. На этом сайте есть библиотека (не смотрел что там по теме).
Наверняка, в отдельных клинических случаях, есть возможность зашифровать вообще всё, но тогда, очевидно, придётся носить ключик на флешке. Если не Пульчинела - https://ru.wikipedia.org/wiki/Секрет_Полишинеля :) :)