Создать мультизагрузочный CD-диск можно одной командой:
mkisofs \
-b bootimgs/floppy1.img \
-eltorito-alt-boot -b bootimgs/floppy2.img \
-eltorito-alt-boot -b bootimgs/floppy3.img \
...
-eltorito-alt-boot -hard-disk-boot -b bootimgs/hard1.img \
-eltorito-alt-boot -hard-disk-boot -b bootimgs/hard2.img \
-hide bootimgs \
-o cdimage.iso \
-R \
cddir
где: bootimgs - директория в cddir для всех образов
floppyX.img - образы дискет
hardX.img - образы жестких дисков (каждый должен содержать MBR,
только один раздел в partition table и, конечно, сам раздел)
Всего можно запихнуть 63 образа.
Назавания пунктам при загрузке дать, к сожалению, нельзя (я не нашел как),
но никакой путаницы с цифрами нет.
Вот и все. Информация взята (и проверена) из man mkisofs.