В ~/.Xdefaults:

  Rxvt*background: Black
  Rxvt*foreground: #D0D0D0
  Rxvt*font:-misc-fixed-medium-r-normal-*-*-140-*-*-c-*-koi8-r
  !Rxvt*sсrollBar_right: True
  Rxvt*sсrollBar:False
  Rxvt*saveLines: 500
  Rxvt*color0:  #000000
  Rxvt*color1:  #aa0000
  Rxvt*color2:  #00aa00
  Rxvt*color3:  #aa5500
  Rxvt*color4:  #0000aa
  Rxvt*color5:  #aa00aa
  Rxvt*color6:  #00aaaa
  Rxvt*color7:  #aaaaaa
  Rxvt*color8:  #555555
  Rxvt*color9:  #ff5555
  Rxvt*color10: #55ff55
  Rxvt*color11: #ffff55
  Rxvt*color12: #5555ff
  Rxvt*color13: #ff55ff
  Rxvt*color14: #55ffff
  Rxvt*color15: #ffffff

Другой вариант:

  Rxvt*color0:  #000000
  Rxvt*color1:  #fe0b12
  Rxvt*color2:  #00d900
  Rxvt*color3:  #ff7916
  Rxvt*color4:  #000095
  Rxvt*color5:  #aa00aa
  Rxvt*color6:  #00aaaa
  Rxvt*color7:  #e2e2e2
  Rxvt*color8:  #555555
  Rxvt*color9:  #aa3838
  Rxvt*color10: #55ff55
  Rxvt*color11: #ffff55
  Rxvt*color12: #5555ff
  Rxvt*color13: #ff55ff
  Rxvt*color14: #bebebe
  Rxvt*color15: #ffffff

Для активации изменений: xrdb -merge ~/.Xdefaults

Для rxvt-unicode (urxvt) нужно поменять "Rxvt*" на "URxvt*",
для aterm (использую его) - "Rxvt*" на "Aterm*".

URL:
Обсуждается: http://www.opennet.me/tips/info/771.shtml