>Есть PerlOutputFilterHandler указанный для всего сервера. Как его можно отключить или заменить
>на другой для отдельного виртуального хоста? У вас прям такая директива написана? PerlOutputFilterHandler? тогда читайте про неё в документаци на тот модуль, который её провайдит.
Если вы пользуетесь стандартным модулем mod_ext_filter и стандартными директивами типа ExtFilterDefine, то эти фильтры можно отключить в секции вирт-хоста директивой RemoveOutputFilter (её можно использовать в конкретнй директории и в .htaccess).