Не так давно собрал на сервере 2 версии php 5.2(cli) и 5.3(cgi). Завелось с пол пинка: по умолчанию используется 5.2, кому надо 5.3 - в htaccess вносит изменения.
Вот и появился первый проект, потребовавший 5.3

Доходит дело до переноса сайта и "нашла коса на камень":
libpng warning: Application built with libpng-1.2.51 but running with 1.5.12

Смотрим phpinfo():

PHP Version 5.3.28

'./configure' '--prefix=/usr/local/php5' '--enable-force-cgi-redirect' '--enable-fastcgi' '--with-config-file-path=/usr/local/etc/php5/cgi' '--with-curl=/usr/local/lib' '--with-gd' '--with-gettext' '--with-jpeg-dir=/usr/local/lib' '--with-freetype-dir=/usr/local/lib' '--with-kerberos' '--with-mcrypt' '--with-mhash' '--with-mysql=/usr/local/mysql' '--with-mysqli=/usr/local/bin/mysql_config' '--with-pcre-regex=/usr/local' '--with-pdo-mysql=/usr/local/mysql' '--with-pear=/usr/local/lib/php' '--with-png-dir=/usr/local/lib' '--with-xsl' '--with-zlib' '--with-zlib-dir=/usr/local/lib' '--with-openssl' '--with-iconv=/usr/local' '--enable-bcmath' '--enable-calendar' '--enable-exif' '--enable-ftp' '--enable-gd-native-ttf' '--enable-magic-quotes' '--enable-soap' '--enable-sockets' '--enable-mbstring' '--enable-zip' '--enable-wddx'

gd
GD Support     enabled
GD Version     bundled (2.1.0 compatible)
FreeType Support     enabled
FreeType Linkage     with freetype
FreeType Version     2.5.3
GIF Read Support     enabled
GIF Create Support     enabled
JPEG Support     enabled
libJPEG Version     6b
PNG Support     enabled
libPNG Version     1.2.51
WBMP Support     enabled
XBM Support     enabled

# ls -l /usr/local/lib | grep png
drwxr-xr-x   2 root  mysql       512 10 авг  2012 libpng
lrwxr-xr-x   1 root  wheel        10  5 мар 10:33 libpng.a -> libpng12.a
lrwxr-xr-x   1 root  wheel        11  5 мар 10:33 libpng.la -> libpng12.la
lrwxr-xr-x   1 root  wheel        11  5 мар 10:33 libpng.so -> libpng12.so
-rwxr-xr-x   1 root  wheel    456294  5 мар 10:33 libpng.so.3
-r--r--r--   1 root  wheel    147844 10 авг  2012 libpng.so.5
-rw-r--r--   1 root  wheel    626998  5 мар 10:33 libpng12.a
-rwxr-xr-x   1 root  wheel       927  5 мар 10:33 libpng12.la
lrwxr-xr-x   1 root  wheel        13  5 мар 10:33 libpng12.so -> libpng12.so.0
-rwxr-xr-x   1 root  wheel    447722  5 мар 10:33 libpng12.so.0
-rw-r--r--   1 root  mysql    201026 10 авг  2012 libpng15.a
lrwxr-xr-x   1 root  wheel        14 10 авг  2012 libpng15.so -> libpng15.so.15
-rwxr-xr-x   1 root  mysql    171492 10 авг  2012 libpng15.so.15

GD использует libpng 1.2.51, PHP скомпилирован с ключом --with-png-dir=/usr/local/lib
В этой директории libpng.so -> libpng12.so

То есть везде используется версия 1.2.51, а в логах пишет, что собран с libpng-1.2.51 но запущен с 1.5.12

Нашел разницу в версиях gd. phpinfo() от 5.2:
PHP Version 5.2.17
'./configure' '--with-apxs2' '--with-curl=/usr/local/lib' '--with-gd' '--with-ttf' '--with-gettext' '--with-jpeg-dir=/usr/local/lib' '--with-freetype-dir=/usr/local/lib' '--with-kerberos' '--with-openssl' '--with-mcrypt' '--with-mhash' '--with-mysql=/usr/local/mysql' '--with-mysqli=/usr/local/bin/mysql_config' '--with-pdo-mysql=/usr/local/mysql' '--with-pcre-regex=/usr/local' '--with-pear' '--with-png-dir=/usr/local/lib' '--with-xsl' '--with-zlib' '--with-zlib-dir=/usr/local/lib' '--with-iconv=/usr/local' '--enable-bcmath' '--enable-calendar' '--enable-exif' '--enable-ftp' '--enable-gd-native-ttf' '--enable-magic-quotes' '--enable-safe-mode' '--enable-soap' '--enable-sockets' '--enable-mbstring' '--enable-zip' '--enable-wddx'

gd
GD Support     enabled
GD Version     bundled (2.0.34 compatible)
FreeType Support     enabled
FreeType Linkage     with freetype
FreeType Version     2.5.3
GIF Read Support     enabled
GIF Create Support     enabled
JPG Support     enabled
PNG Support     enabled
WBMP Support     enabled
XBM Support     enabled

Что посоветуете?