Ранее был lighttpd на centos 7.X, всё работало корректно.

Сейчас имею nginx 1.10 с ubuntu 16.04.

Zabbix работает корректно, переходит по всем каталогам. У других веб-ресурсов не работает переход по каталогам - вместо этого возвращает значение 404, то есть, главная страница отображается и те, которые не требуют реврайт, все последующие с значением 404.

Конфиг Nginx:

server {
    root /var/www/html;

    index index.php index.html index.htm;

    server_name my_site.com;

    location / {
        try_files $uri $uri/ =404;
    }

    location ~ \.php$ {
        include snippets/fastcgi-php.conf;
        
        fastcgi_pass unix:/run/php/php7.0-fpm.sock;
    }
}

Логи:
2017/03/01 02:19:53 [error] 25546#25546: *1 "/home/www/test/test2/index.php" is not found (2: No such file or directory), clie$

2017/03/01 02:19:55 [error] 25546#25546: *2 "/home/www/test/test3/index.php" is not found (2: No such file or directory), client: IP_ADDRESS, server: zom$

Переезжали так:
tar -cvvf test.tar ./
vsftpd -> filezilla -> windows -> http
wget
tar -xvvf test.tar

mysqldump -u root -p dumpdb > dumpfile.sql

mysql -u root -p

CREATE DATABASE `db_name` CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_general_ci;

exit

mysql -u root -p db_name < dumpfile.sql

Пробовали скидывать на php:
location / {
        try_files $uri $uri/ @backend;
    }

    location @backend {
        include snippets/fastcgi-php.conf;
        
        fastcgi_pass unix:/run/php/php7.0-fpm.sock;
    }

    location ~ \.php$ {
        include snippets/fastcgi-php.conf;
        
        fastcgi_pass unix:/run/php/php7.0-fpm.sock;
    }

Конфиг fastcgi-php.conf:

# regex to split $uri to $fastcgi_script_name and $fastcgi_path
fastcgi_split_path_info ^(.+\.php)(/.+)$;

# Check that the PHP script exists before passing it
try_files $fastcgi_script_name =404;

# Bypass the fact that try_files resets $fastcgi_path_info
# see: http://trac.nginx.org/nginx/ticket/321
set $path_info $fastcgi_path_info;
fastcgi_param PATH_INFO $path_info;

fastcgi_index index.php;
include fastcgi.conf;