>Есть проект, который по умолчанию собирается g++ с отладочной информацией.
>Как необходимо изменить configure.in чтобы сборка с ключом --without-debug возымела эффект? http://svn.berlios.de/viewcvs/openfm/trunk/configure.in?rev=78&r1=74&r2=78 Вот пример добавления ключа --enable/disable-werror, который включает/отключает сборку с ключиком -Werror. Тебе нужно изменить по аналогии для добавления в CXXFLAGS ключа -g и -DDEBUG, если нужно.
>Есть ли альтернативные способы сборки проекта с и без отладочной информации?
Возможно, стОит поиграться с установкой переменных CXXFLAGS/CFLAGS.
P.S. Почитай доки по autotools'ам :)