http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/en/slow-query-log.html - замечу, требуется предварительное конфигурирование
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/en/show-processlist.html - текущие запросы в т.ч.От какого юзера - не скажет, но скорее всего на одну таблицу один юзер, т.е. найти грузящего не составит труда. Также, в случае, если включены бинлоги, можно из них получить список запросов модификации - не факт, что тормозят они, но проверить стоит (напр. - UPDATE myISAMTable WHERE someHeavyUnindexedCondition)