Доброе утро, уважаемые. Прошу вашей помощи в редактировании awk скрипта. Вот сам скрипт
BEGIN { printf ("CRYST1 200.000 200.000 200.000 90.00 90.00 90.00 P 1 1\n")
maxatoms=1000
natom=0
found_struct = 0
found_bond = 0
}
{
if( NF == 5 )
{
foundff=0
natom++
fftype[natom]="UNKNOWN"
if ($1 ~ /CT/)
{
fftype[natom] = "C"
foundff=1
}
else if ($1 ~ /OH/)
{
fftype[natom] = "O"
foundff=1
}
else if ($1 ~ /HC/)
{
fftype[natom] = "H"
foundff=1
}
else if ($1 ~ /N/)
{
fftype[natom] = "N"
foundff=1
}
else if ($1 ~ /H1/)
{
fftype[natom] = "H"
foundff=1
}
else if ($1 ~ /HO/)
{
fftype[natom] = "H"
foundff=1
}
else if ($1 = "C")
{
fftype[natom] = "C"
foundff=1
}
else if ($1 = "O")
{
fftype[natom] = "O"
foundff=1
}
next
x[natom] = $1
y[natom] = $2
z[natom] = $3
if (foundff == 0)
printf("PROBLEM : Atom ff type %s not known\n", $6)
}
}
END {
for (iatom=1; iatom <= natom; iatom++)
{
printf("HETATM %d %2s %d %14.9f %14.9f %14.9f\n" ,
iatom, fftype[iatom], iatom, x[iatom], y[iatom], z[iatom])
}
printf ("END\n")
}
Вот файл формат которого я хочу изменить.
0 3 186 200 75202
timestep 500 186 0 3 0.002000 1.000000
40.0000000000 0.0000000000 0.0000000000
-0.0000000034 40.0000000000 0.0000000000
-0.0000000034 -0.0000000034 40.0000000000
CT_1 1 12.011000 0.061000 1.087513
-1.961325738 1.828501682 -8.933652557
CT_1 2 12.011000 0.061000 0.789711
-3.851025437 3.495427316 -10.05849230
CT_1 3 12.011000 0.061000 0.581330
-5.804493575 4.589489777 -8.369482861
CT_1 4 12.011000 0.061000 0.587494
-7.762880081 2.911439463 -7.080665587
CT_1 5 12.011000 0.061000 0.921486
-9.153941740 4.957761011 -5.673450453
CT_1 6 12.011000 0.061000 1.466178
-11.21951030 3.799887793 -3.893597764
CT_1 7 12.011000 0.061000 1.062685
-13.41586695 5.618523114 -4.191760148
CT_2 8 12.011000 -0.240000 5.121940
-3.117992327 -3.327499197 -8.354430641
CT_2 9 12.011000 -0.240000 2.437730
-0.9758711488 1.974964679 -10.16233562
CT_2 10 12.011000 -0.240000 1.135955
-2.852418267 4.675569470 -9.920301105
CT_2 11 12.011000 -0.240000 1.900220
-5.704642269 3.360686205 -14.45101155
CT_2 12 12.011000 -0.240000 0.911877
-4.703447895 5.335417134 -7.625501542
CT_2 13 12.011000 -0.240000 1.656308
-5.909815044 9.672510884 -7.342262570
CT_2 14 12.011000 -0.240000 0.834395
-7.655049494 1.848229991 -5.967773809
CT_2 15 12.011000 -0.240000 1.101301
-7.027111753 -2.217916095 -8.514030555
CT_2 16 12.011000 -0.240000 0.853168
-7.793699990 5.607703376 -5.277482258
CT_2 17 12.011000 -0.240000 1.052948
-12.05427600 7.338218900 -10.66580110
CT_2 18 12.011000 -0.240000 0.979198
-1.232634370 2.590557276 -7.750497413
CT_2 19 12.011000 -0.240000 1.516629
-11.24302244 4.059534202 -2.362761919
CT_2 20 12.011000 -0.240000 4.850921
-11.52286139 -2.229203800 -2.608836869
CT_2 21 12.011000 -0.240000 1.276129
-12.53234928 6.810640530 -4.521367552
CT_2 22 12.011000 -0.240000 5.033765
-13.29272803 9.456081404 -1.309982948
CT_2 23 12.011000 -0.240000 3.497367
-16.13360630 6.840476499 -6.903171776
CT_2 24 12.011000 -0.240000 3.204971
19.28112844 7.253992713 -2.867325927
HC 25 1.008000 0.080000 0.975259
-1.782251143 2.584467300 -6.792666892
В результате работы скрипта я хочу получить
CRYST1 200.000 200.000 200.000 90.00 90.00 90.00 P 1 1
HETATM 1 C 1 -1.961325738 1.828501682 -8.933652557
HETATM 2 C 2 -3.851025437 3.495427316 -10.05849230
HETATM 3 C 3 -5.804493575 4.589489777 -8.369482861
и т.д.
Однако координаты файла(следующая строчка после CT_1 1 12.011000 0.061000 1.087513) скрипт не подхватывает. Не могли бы вы взглянуть и подсказать как мне решить эту проблему. Заранее благодарен.
Вариант для распечатки
