"How to cleanup your GNOME registry?" - анонс GConf Cleaner, утилиты для чистки базы конфигурации GNOME.
P.S. сам я пользуюсь GNOME давно, трудно представить что можно делать с гномом чтобы "загадить" его реестр так, что не обойтись без помощи посторонней утилиты.