The OpenNET Project / Index page

[ новости /+++ | форум | теги | ]

Выпуск биоинформационной программы UGENE 1.25.0

13.10.2016 00:00

Состоялся релиз UGENE 1.25, пакета для работы молекулярного биолога, предоставляющий инструменты для множественного выравнивания нуклеотидных и аминокислотных последовательностей, филогенетического анализа, редактирования и аннотирования нуклеотидных и белковых последовательностей, поддержания биоинформационной базы данных, визуализации, поиска геномных вариаций, работы с хроматограммами и многого другого. Исходные тексты UGENE распространяются под лицензией GPLv2, сборки доступны для Windows, macOS и Linux.

В новом выпуске для NGS добавлена возможность фильтрации прочтений, не имеющих пары, при картировании парных прочтений на референсную последовательность (с помощью BWA, Bowtie2 и т.п.). в В диалогах настройки схем анализа сырых данных NGS добавлен расширенный набор параметров для обрезания адаптерных последовательностей (5′-адаптеры, 3′-адаптеры, 5′- и 3′-адаптеры). В Assembly Browser выполнена оптимизация вычисления покрытия. Продолжается работа над новой функцией UGENE для удобной визуализации и анализа данных секвенирования по Сэнгеру.



  1. Главная ссылка к новости (http://ugene.net/ru/news.html...)
  2. OpenNews: Выпуск биоинформационной программы UGENE 1.24
  3. OpenNews: Выпуск биоинформационной программы UGENE 1.23
  4. OpenNews: Выпуск биоинформационной программы UGENE 1.21
  5. OpenNews: Выпуск биоинформационной программы UGENE 1.22.0
Автор новости: Юлия Альгаер
Лицензия: CC BY 3.0
Короткая ссылка: https://opennet.ru/45314-ugene
Ключевые слова: ugene
При перепечатке указание ссылки на opennet.ru обязательно


Обсуждение (14) Ajax | 1 уровень | Линейный | +/- | Раскрыть всё | RSS
  • 1.1, Аноним (-), 11:09, 13/10/2016 [ответить] [﹢﹢﹢] [ · · · ]  
  • +1 +/
    10 молекулярных биологов из 10
     
  • 1.2, Аноним (-), 11:10, 13/10/2016 [ответить] [﹢﹢﹢] [ · · · ]  
  • –9 +/
    Кто-то юзает вообще эту программу?
     
  • 1.5, Аноним (-), 16:44, 13/10/2016 [ответить] [﹢﹢﹢] [ · · · ]  
  • +/
    Зачем эта новость на рускоязычном ресурсе? Разве в России есть молекулярные биологи?
     
     
  • 2.6, skybon (ok), 17:50, 13/10/2016 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • –1 +/
    Тоньше надо, сударь.
     
  • 2.8, dsfdsgfsdgsdf (?), 19:15, 13/10/2016 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +/
    Ноосферологи точно имеются.
     
  • 2.9, Аноним (-), 20:02, 13/10/2016 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +/
    Лично знаю пару аспирантов. Кстати, по их мнению нормальный софт для проведения исследований в области микробиологии есть только в *nix. Используют ли они сабж - не в курсе...
     
  • 2.11, Аноним (-), 23:44, 13/10/2016 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • –1 +/
    Институт Биоинформатики? Не, не слышал. Куда тебе.
     
     
  • 3.12, Аноним (-), 12:37, 14/10/2016 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +/
    Наличие института не говорит о наличии спецов.
     
     
  • 4.14, Алексей Морозов (ok), 00:47, 16/10/2016 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +/
    В некоторых областях (те же бактериофаги) — так бСССР и впереди планеты всей, есичо, до сих пор. Во всяком случае, этим летом у супруги на конференции в Ливерпуле граждане из США и З.Европы так с удивлением и спрашивали: "Что, прямо можно пойти в аптеку, и купить бактериофажный коктейль?!". У них-то в свое время посчитали, что антибиотики — решение всех проблем, и альтернативные подходы покоцали.
    Тема сейчас очень горячая, в связи с широким распространением резистентности бактерий к антибиотикам.
     

  • 1.10, Anon43210 (?), 20:21, 13/10/2016 [ответить] [﹢﹢﹢] [ · · · ]  
  • +1 +/
    Вдруг кто-то заинтересуется, прочитав эту новость, окунётся в эту область. И появится такой спец :)
     
     
  • 2.13, Аноним (-), 12:49, 14/10/2016 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +/
    > окунётся в эту область. И появится такой спец

    ИМХО, туда уже проблематично залезть. Лет 10 назад еще прокатывали случаи, когда строитель или программист занимались фолдингом белков или секвенированием ДНК. Сейчас готовят нормальных специалистов, которые шарят в биологии/химии, которым можно доверить проведение экспериментов на живых организмах и которые в состоянии написать скрипт на питоне для обработки результатов.

    Т.е. люди со стороны уже типа не очень нужны, а новые специальности вряд ли страдают недобором...

     
     
  • 3.15, Алексей Морозов (ok), 00:49, 16/10/2016 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +/
    > ИМХО, туда уже проблематично залезть.

    Биоинформатиков готовят — только шум стоит. Шум от публикаций и последующего обсуждения.


     
     
  • 4.16, Алексей Морозов (ok), 00:52, 16/10/2016 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +/
    > Биоинформатиков готовят — только шум стоит. Шум от публикаций и последующего обсуждения.

    ... правда, опять же со слов супруги, UGENE не слишком удобен/привычен для её собственных задач. Я ей все предлагаю как-нибудь выйти из института, пройти 200 метров до здания, где этот UGENE пишут и высказать все свои претензии лично :)


     
     
  • 5.17, Юлия (??), 09:31, 13/02/2017 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +/
    Приходите! Пишите! Мы будем очень рады отзывам и любым предложениям и пожеланиям.

    Писать можно вот сюда: ugene@unipro.ru
    Благодаря Вашим отзывам мы становимся лучше.

    Спасибо!

     

     Добавить комментарий
    Имя:
    E-Mail:
    Текст:



    Партнёры:
    PostgresPro
    Inferno Solutions
    Hosting by Hoster.ru
    Хостинг:

    Закладки на сайте
    Проследить за страницей
    Created 1996-2024 by Maxim Chirkov
    Добавить, Поддержать, Вебмастеру