Теория

При воспроизведении звука часть потока буферизируется перед отправкой в
устройство. Существует два подхода к наполнению буфера: условно "старый" -
статический буфер, состоящий из нескольких фрагментов, вставка каждого
следующего фрагмента по прерыванию (IRQ). Его плюс в предсказуемости - он
работает всегда, и всегда одинаково. Но есть у него и минусы - 50 прерываний в
секунду не дают процессору заснуть и энергосберегать. Не дают они ему и шанса
считать что-то тяжёлое - прерывания всё время "отвлекают" ядро на очень
простую, но "зудливую" задачу. Элементарная задача воспроизведения звука
становится неоправданно затратной. Вишенка на торте - постоянная задержка при
захвате звука: даже тогда, когда мы хотим минимальную задержку, она будет >=
нашему статическому буферу (обычно ~100 ms).

Второй подход (glitch free на языке маркетологов) подразумевает динамический
буфер и вставку фрагмента по таймеру, без использования прерываний. Он лишён
недостатков первого, но требует поддержки железом, приличных драйверов,
"сознательности" приложения, которое должно запросить себе комфортный буфер
(минимальный для программ захвата - 0-20ms, и большой для плееров - 200-2000ms).

Dropout - ситуация, в которой фрагмента не оказалось в буфере в момент его
воспроизведения. Одновременно является самой частой причиной звуковых
артефактов. Чем больше буфер, тем меньше шансов на dropout (но и задержка выше).

ALSA реализует и поддерживает только первый способ буферизации. PulseAudio
реализует оба, по умолчанию использует второй.

Что делать? Кто виноват?

Если вы слышите артефакты при воспроизведении звука через PulseAudio, первым
делом стоит перевести демон в "режим ALSA" и убедиться, что проблема в таймере:

/etc/pulse/default.pa:

   --- load-module module-udev-detect
   +++ load-module module-udev-detect tsched=0

   pulseaudio -k; pulseaudio --start (от пользователя)

Нагрузку на CPU можно уменьшить, увеличив размер фрагмента 

/etc/pulse/daemon.conf:

   --- #default-fragments 4
   +++ default-fragments = 2
   --- #default-fragment-size-msec 25
   +++ default-fragment-size-msec 125

но это увеличит задержку. Задержку можно уменьшить (но это увеличит нагрузку на CPU)

/etc/pulse/daemon.conf:

   --- #default-fragments 4
   +++ default-fragments = 8
   --- #default-fragment-size-msec 25
   +++ default-fragment-size-msec 5

Параметры default-fragments и default-fragment-size-msec имеют силу только если
вы выключили таймер (прописали tsched=0), или если он не поддерживается аппаратно.

Есть и менее радикальный вариант: принудительная буферизация на стороне таймера:

/etc/pulse/default.pa:

   --- load-module module-udev-detect
   +++ load-module module-udev-detect tsched_buffer_size=60000

На современных системах 60000 (это микросекунды) можно заменить на 30000 (или
даже меньшее число, я использую 23000)