В xorg-server-1.5.x, если не отключить при компиляции X-сервера, конфигурация устройств ввода 
осуществляется не в xorg.conf, а через HAL. Это позволяет подключать различные
клавиатуры и мышки "на лету"
и они будут работать без необходимости рестарта иксов. Но при этом, например
для настройки раскладки,
возникает необходимость правки xml-конфигов HAL вместо простого и удобного файла xorg.conf. 

Например, чтобы реализовать настройку в xorg.conf:

   Option "XkbLayout" "us,ru(winkeys)"
   Option "XkbOptions" "grp:shift_caps_toggle,grp_led:scroll,caps:internal,compose:ralt"

Необходимо создать файл /etc/hal/fdi/policy/10-keymap.fdi следующего содержания:
   <?xml version="1.0" encoding="ISO-8859-1"?> 
    <deviceinfo version="0.2">
      <device>
        <match key="info.capabilities" contains="input.keymap">
          <append key="info.callouts.add" type="strlist">hal-setup-keymap</append>
        </match>

        <match key="info.capabilities" contains="input.keyboard">
          <merge key="input.xkb.rules" type="string">base</merge>
          <merge key="input.xkb.layout" type="string">us,ru</merge>
          <merge key="input.xkb.options" type="string">grp:shift_caps_toggle,grp_led:scroll,caps:internal,compose:ralt</merge>
          <merge key="input.xkb.variant" type="string">,winkeys</merge> 

        </match>
      </device>
    </deviceinfo>

Отключается такое поведение добавлением в xorg секции:

   Section "ServerFlags"
     Option "AutoAddDevices" "False"
   EndSection

Другой вариант, задействовать setxkbmap, поместив в ~/.xsessionrc строчку:

   setxkbmap "us,ru" ",winkeys" "grp:caps_toggle"