Начиная с версии 5.0.37 в MySQL Community Server появился удобный инструмент
для профилирования запросов - директивы "SHOW PROFILES" и "SHOW PROFILE".

Директива "SHOW PROFILES" показывает список запросов, выполненных в рамках
текущей сессии и время выполнения каждого запроса. Число отображаемых запросов
определяется переменной сессии profiling_history_size, которая имеет значение
по умолчанию 15, максимальное 100. В список попадают все запросы кроме "SHOW
PROFILES" и "SHOW PROFILE", включая синтаксически неверные. Профилирование
действует в течении сессии. По завершении сессии информация профайлинга теряется.

Включаем профилирование:

   mysql> set profiling=1;
   Query OK, 0 rows affected (0.00 sec)

Через некоторое время смотрим результат:

   mysql> show profiles;
   | Query_ID | Duration   | Query
   | 2        | 0.00010300 | create table a1 (id int not null auto_increment)
   ...

Директива "SHOW PROFILE" показывает подробную информацию об этапах выполнения
отдельного запроса. По умолчанию, выводится информация о последнем запросе. Для
указания на конкретный запрос используется опция FOR QUERY n, где значение n
соответствует значению Query_ID из списка, формируемого директивой "SHOW PROFILES".

   mysql> show profile for QUERY 2;
   | Status               | Duration |
   | (initialization)     | 0.000039 |
   | checking permissions | 0.00004  |
   | creating table       | 0.004034 |
   | After create         | 0.000294 |
   | query end            | 0.000009 |
   | freeing items        | 0.000012 |
   | logging slow query   | 0.000004 |

где Status - состояние потока, а Duration - время выполнения в секундах.

Информацию, аналогичную результату работы "SHOW PROFILE", можно получить из
таблицы PROFILING базы INFORMATION_SCHEMA. Например, следующие команды являются эквивалентными:

   SHOW PROFILE FOR QUERY 2;

   SELECT STATE, FORMAT(DURATION, 6) AS DURATION FROM INFORMATION_SCHEMA.PROFILING WHERE QUERY_ID = 2;


Ссылки

Подробное описание синтаксиса с указанием всех возможных опций:
  http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/show-profiles.html
Пример использования профайлинга для оптимизации сложных запросов: 
  http://dev.mysql.com/tech-resources/articles/using-new-query-profiler.html