Опишу ситуацию на примере подменю wine в меню KDE, так как проблема зачастую
проявляется именно здесь. Например, мы хотим удалить все установленные
Windows-программы. Для этого удаляется каталог ~/.wine, однако соответствующие
пункты KDE меню приложений остаются. Логичным шагом является удаление всего
подменю Wine. Однако после этого windows-программы больше не появятся в KDE
меню. Даже если создать подменю с именем Wine, это не изменит ситуацию.

Проблема состоит в том, что при редактировании стандартных пунктов KDE меню,
появляется вот такой файл:

   .config/menus/applications-kmenuedit.menu

Файл описывает кастомизированное меню приложений KDE. Если его удалить
(переместить), то все модификации стандартных пунктов меню уйдут, в частности,
появится удаленный пункт меню Wine, и в него будут добавляться
свежеустановленные Windows-программы.