На github опубликован способ внедрения в исходный код точек останова для
gdb, не влияющий на нормальное выполнение программы в отсутствие отладчика.
Способ основан на размещении адреса локальной переменной в секции
(embed-breakpoints линкера).


  #define EMBED_BREAKPOINT \\
    asm("0:"                              \\
        ".pushsection embed-breakpoints;" \\
        ".quad 0b;"                       \\
        ".popsection;")

   int main() {
       printf("Hello,\\n");
       EMBED_BREAKPOINT;
       printf("world!\\n");
       EMBED_BREAKPOINT;
       return 0;
   }

Собираем враппер для gdb:

    sudo apt-get install binutils-dev
    git clone git://github.com/kmcallister/embedded-breakpoints.git
    cd embedded-breakpoints
    ./build.sh

Собираем тестовое приложение и запускаем под управлением враппера к gdb:

   $ gcc -g -o example example.c
   $ ./gdb-with-breakpoints ./example

   Reading symbols from example...done.
   Breakpoint 1 at 0x4004f2: file example.c, line 8.
   Breakpoint 2 at 0x4004fc: file example.c, line 10.

   (gdb) run

   Starting program: example 
   Hello,

   Breakpoint 1, main () at example.c:8
   8           printf("world!\\n");

   (gdb) info breakpoints

   Num     Type           Disp Enb Address            What
   1       breakpoint     keep y   0x00000000004004f2 in main at   example.c:8
        breakpoint already hit 1 time
   2       breakpoint     keep y   0x00000000004004fc in main at example.c:10

При выполнении напрямую и или в версии gdb без специального враппера точки
останова никак не отражаются на работе программы.