>Используем Subversion 1.6, большинство программеров работает из под винды. У нас в
>проекте более 12000 файлов.

Сразу могу сказать что под винду можете не надеяться получить что-то приемлимое. У нас 38000+ файлов, под Linux и FreeBSD на ноутбуках и рабочих станциях все летает. Относительно, конечно, т.к. SVN сама по себе очень неторопливая вещь для таких больших проектов, потому что при update, например, обходит все дерево - тем не менее, чекаут/update даже на нетбук более 10 минут не занимает.

>Кто сталкивался с такой проблемой? Есть ли способы ее решения без смены хранилища?

Ну тут либо смена хранилища, либо системы. А лучше и то, и то.

>PS: менять хранилище на git/mercury нельзя - слишком много сил было потрачено
>на автоматизацию создания сборок из SVN.

Если на автоматизацию сборок из SVN было потрачено много сил, вы уже что-то не так делаете. Ну значит будете тратить силы на апдейты по два часа, всего то. Как вариант можете потратить время на наболдашник для partial checkout.