Здравствуйте,

какие плюсы/минусы запуска программ, напр. firefox с помощью firejail+chroot и с помощью docker?

Для себя пока вижу
+плюсы за firejail+chroot:
Без лишних телодвижений легко ставить программы, редактировать извне chroot файлы, очень просто через firejail делать разные полезные ограничения для программ(--net=net1 --overlay-tmpfs --private и т.д).

+плюсы за docker:
С помощью `docker`-а можно сделать все тоже самое, что и с помощью firejail+chroot
Docker контейнеры состоят из слоев, потому докер-контейнеры с программами должны занимать меньше места чем куча chroot директорий.