> $pdo->prepare("SELECT * FROM table WHERE id = {$_GET{'id'}");

Формально здесь имеется prepared-запрос. Фактически - "имеют" разработчика этого кода.

В MySQL только безымянные плейсхолдеры - типа так:
PREPARE stmt1 FROM 'SELECT SQRT(POW(?,2) + POW(?,2)) AS hypotenuse';

Для простых случаев годно, для динамически создающихся запросов и для достаточно объёмных статических это неудобно. Да, конечно, можно создать препроцессор, который преобразует именованные плейсхолдеры в безымянные и создаст отображение для преобразования словаря фактических параметров запроса в вектор. Но если все эти хлопоты только ради исключения инъекции SQL, то мне такого не нужно - у меня библиотека и без того качественно предотвращает инъекцию.

> ...потому что это настолько эффективное и простое решение...

Это зависит от задачи.
Если нужно выполнить 100500 однотипных запросов, то хлопоты на создание запроса скомпенсируются. а если у вас 100500 разных запросов, то это будет чистая потеря - в прикладном коде, в нагрузке на сервер, в сетевом трафике.

Кстати, припомнилось ещё одно затруднение при использование prepared statement в mysql.
Нетрудно представить себе ситуацию, когда появляется запрос типа
SELECT * FROM T WHERE code IN ('1','2','4');

использовать вариант типа
PREPARE stmt FROM 'SELECT * FROM T where code IN ?;';
в доступной мне версии нельзя («Parameter markers can be used only where data values should appear, not for SQL keywords, identifiers, and so forth»).

можно

PREPARE stmt1 FROM 'SELECT * FROM T where code IN (?);';
PREPARE stmt2 FROM 'SELECT * FROM T where code IN (?,?);';

и т.д.,
но это уже из области "страдать" к пользователям подготовленных запросов, не находите?