В статье "Encrypt devices using dm-crypt and LUKS" рассказывается о создании шифрованного раздела на мобильном устройстве, например USB Flash.

Раздел создается при помощи модуля 2.6 ядра dm-crypt. Для того чтобы можно было менять пароль без перестройки всех зашифрованных данных и использовать несколько паролей для доступа к разделу, используется LUKS (Linux Unified Key Setup), обеспечивающий хранение параметров шифрования в заголовке зашифрованного раздела.

При необходимости использовать зашифрованный Flash диск не только под Linux, но и под Windows, продукт FreeOTFE позволяет монтировать под Windows разделы созданные через cryptoloop , dm-crypt и LUKS;

Вместо dm-crypt и LUKS можно использовать открытый (немного модифицированная GPL лицензия) продукт TrueCrypt.